《高空舰队》中的核弹是游戏里威力最大的大范围杀伤武器，一发就能解决掉一个舰船小队，但是很多新手玩家都不太清楚使用核弹有什么后果，其实使用核弹的后果就是你被敌人发现之后就不会使用导弹了，而是疯狂使用核弹，更多如下。
如果你敢在前中期用一次核弹，那当你到中期时，所有猎杀舰队一旦发现你，就会向你连射核弹，对于资金来源有限（不卡bug的话），而且维修及其消耗时间（如果长期呆在一个地方很快就会被发现，然后又来核弹，恶性循环）的你来说，这绝对意味着游戏的结束
